三博的功能神经外科实施了多项功能神经外科手术。昆明三博脑科医院在云南省开展脑深部电极刺激术（DBS）治疗帕金森病、脑浅表皮层低功能电凝热灼治疗脑功能区癫痫和半球性Sturge-Weber综合征，RE大脑半球离断术等手术。

1.癫痫：昆明三博脑科医院的癫痫由神经外科、神经内科、神经电生理、神经影像等多学科医务人员参与组成一个实力强大的癫痫专科医疗团队，完成门诊、神经电生理检查、药物治疗、复诊、术前评估、外科手术、术后康复等一系列专业的诊疗过程。其中用神经外科的手段治疗难治性癫痫是三博在癫痫治疗方面的又一大特色。

2.运动障碍疾病：三博脑科在国内率先采用神经调控技术治疗帕金森病、原发性震颤、肌张力障碍、舞蹈症和抽动秽语综合征等。

3.精神障碍疾病：随着功能神经外科的发展，焦虑症、强迫症、抑郁症等也逐渐将功能神经外科医生所攻破。

4.顽固性疼痛：适合神经外科治疗的顽固性疼痛疾病主要有：带状疱疹神经痛、幻肢痛、残肢痛、丘脑痛、癌痛和周围神经（脊髓精/颅神经）疼痛，尤其对于三叉神经痛、面肌痉挛和舌咽神经痛等疾病。